Análise transcriptômica (RNA-Seq)

A BioDecision Analytics oferece soluções inteligentes que permitem transformar dados transcriptômicos, provenientes do sequenciamento de RNA (RNA-Seq) em informações que auxiliam a interpretação de resultados in vitro, pré-clínicos e/ou clínicos. Contamos ainda com um método de análise de RNA-Seq desenvolvido para atender à indústria farmacêutica e biofarmacêutica. Por meio de análises avançadas de bioinformática, dispomos de um serviço que permite predizer o mecanismo de ação de fármacos e biofármacos. Integrando os resultados da análise transcriptômica a dados in vitro, pré-clínicos e/ou clínicos, por meio de nosso aplicação de técnicas de Data Analytics, trabalhamos para fornecer evidências do mecanismo de ação, auxiliando no processo de registro de fármacos e biofármacos, agregando valor terapêutico e econômicos a produtos investigacionais.

Como fazemos?

Desenvolvido em meados dos anos 2000, o sequenciamento de RNA (RNA-Seq) representa um dos maiores marcos da Life Science. Isto porque, o RNA-Seq permite avaliar simultaneamente a presença e a quantidade de produtos gênicos (também conhecidos por RNA ou transcritos) em amostras biológicas de interesse. Através da combinação de ferramentas computacionais (bioinformática) e métodos estatísticos apropriados, os transcritos expressos por cada amostra biológica (transcriptoma) podem ser comparados com o transcriptoma de referência da espécie estudada ou com o transcriptoma de outras amostras da mesma espécie. Tais análises permitem identificar:

• Genes diferencialmente expressos
• Mutações
• Fusões gênicas
• Transcritos que sofreram processamento alternativo (splicing)

Devido ao elevado poder analítico deste método, o RNA-Seq tem se mostrado uma técnica altamente valiosa à indústria farmacêutica e biofarmacêutica, permitindo acelerar a descoberta do mecanismo de ação de produtos investigacionais. Isto porque, as análises de enriquecimento funcional de genes diferencialmente expressos entre as amostras tratadas e não tratadas (células, modelos animais e até mesmo pacientes) com o produto investigacional fornecem evidências das vias biológicas que foram afetadas pelo tratamento. Para isso, integramos as mais recentes ferramentas computacionais dedicadas à análise de dados de sequenciamento de RNA, métodos estatísticos e técnicas de Data Science otimizados para atender as necessidades de cada projeto. Seguindo recomendações de boas práticas para o RNA-Seq, nossas análises contam com rigorosos processos de controle de qualidade que permitem assegurar a acurácia dos resultados. Após o controle de qualidade, as leituras (reads) obtidas são alinhadas ao genoma de referência a fim de mapear os genes expressos. Após o mapeamento, as leituras (reads) obtidas são contadas. As contagens obtidas são normalizadas usando métodos apropriados. Após a normalização, é realizada a análise de expressão diferencial, buscando os genes que se encontram positiva- ou negativamente regulados. A lista de genes diferencialmente expressos é submetida a análises de enriquecimento funcional para identificar as vias biológicas reguladas por estes genes.

O workflow de análise do RNA-Seq é mostrado abaixo:

Imagem RNASeq